アルバイトの収入で、学費の不足分を___。

文脈は「学費の不足分」をアルバイトの収入でどうするかを述べています。「補う」は、足りないものを付け加えて、不足がない状態にすることを意味します。金銭的な不足分を満たす場合に最も一般的に使われます。「埋める」は穴などを満たす意で、比喩的に「差を埋める」とも言いますが、「不足分を補う」の方が自然です。「補足する」は説明などを付け加えること、「補充する」は減ったものを元に戻すことを意味します。