この問題は一見単純に見える。___、その根は深い。

「もっとも」は、前述の内容を認めつつも、それに対して条件、例外、あるいは補足的な意見や反論を述べる際に使われる接続詞です。ここでは、「一見単純に見える」という見方に対し、その本質が実はそうではないという逆説的な補足説明を加えています。他の選択肢も逆説的な意味合いを持ちますが、「とはいえ」は前言を認めた上で別の側面を強調する、「ただし」は条件や限定を付加する、「しかしながら」はより強い対立を示すというニュアンスの違いがあります。本問の文脈では、問題の見かけ上の単純さを認めつつも、その根深い本質を補足する「もっとも」が最も適切です。