に

日本 ___ 住んでいます。

住んでいる (to live/reside) marks the location of permanent residence using the particle に, indicating a state of being in a place.

存在や居住の場所を表す動詞「住む（住んでいる）」は、その所在の場所を「で」ではなく格助詞「に」で指定します。一時的な動作を行う場所「で」と区別されます。