覆された

新しい証拠の発見により、これまでの定説が根底から＿＿＿された。

The correct verb is 覆された (kutsugaesareta), the passive form of 覆す (kutsuaesu), which means 'to overturn' or 'to overthrow'. It is used for theories, verdicts, or power structures. 損なわれた (sokonawareta) means 'was damaged/harmed,' which doesn't fit the context of a theory being invalidated. 免れた (manukareta) means 'escaped from,' and 欺かれた (azamukareta) means 'was deceived,' neither of which is appropriate for an inanimate concept like a theory.

正解は「覆された」です。「覆す（くつがえす）」は、定説や判決、体制などを根本からひっくり返すという意味で、文脈に最も適しています。「損なわれた」は傷つけられた、害されたという意味。「免れた」は危険や責任から逃れたという意味。「欺かれた」は騙されたという意味で、いずれも「定説」を主語にするには不適切です。