The correct reading is せんすいかん, with all kanji using their On'yomi: 潜 (セン), 水 (スイ), 艦 (カン). せんすいせん incorrectly uses 船 (せん) instead of 艦 (カン), which specifically denotes a large warship. It means a submarine, a vessel operating underwater.

「潜」「水」「艦」すべて音読みで「せんすいかん」と読みます。「艦」は大型の船を意味し、「せんすいせん」は誤読です。水中を航行できる特殊な船です。