The correct reading is せきどう, using the On'yomi for both 赤 (セキ) and 道 (ドウ). While あかみち uses Kun'yomi, it is incorrect for this specific compound. 赤道 refers to the imaginary line dividing the Earth into northern and southern hemispheres.

「赤」は「セキ」、「道」は「ドウ」と、両方とも音読みです。「あかみち」は訓読みですが、この熟語では使いません。地球を南北に分ける架空の線です。