All kanji are read with their standard On'yomi. Note the repetition of カン (管 and 官). Omitting either 官 or 庁 is incorrect. This term refers to the specific government agency or ministry that has jurisdiction and responsibility over a particular administrative matter or field.

所管官庁のしょかんかんちょうは、全ての漢字が標準的な音読みです。官を一つ省略したり、庁を省略するのは間違いです。特定の行政事務や分野に関して、管轄と責任を持つ政府の機関や省庁を指します。