萌芽 (ほうが) uses the on'yomi readings for both kanji. 萌 (ほう) means sprout/bud, and 芽 (が) also means sprout/bud. It refers to the budding or sprouting of plants, or by extension, the incipient or earliest stage of something's development. めいがは、萌える（もえる）や芽（め）という訓読みからの一般的な誤読です。

萌芽（ほうが）は、萌（ほう）と芽（が）の音読みで、植物の芽生えや物事の始まりの時期を指します。萌える（もえる）の「も」や芽（め）の「め」に引かれて「めいが」と読み間違えやすいので注意が必要です。