最初は結果がどうなるか全く不明だったが、計画通りに進み始めた

"海のものとも山のものともつかない" is an idiom meaning "of unknown nature / complete uncertainty". "軌道に乗る" means to get on track.

「海のものとも山のものともつかない（正体不明で先行きが分からない）」状態から、「軌道に乗る（物事が順調に進む）」ようになったと述べています。