ペン ___ 手紙を書きます。
The particle "で" (de) indicates the means, instrument, or method used to perform an action. In "ペンで手紙を書きます," "ペン" (pen) is the tool used for writing. It answers the question "how?" or "with what?".
助詞(じょし)「で」は行為(こうい)を行(おこな)う手段(しゅだん)や道具(どうぐ)を示(しめ)します。「何(なに)を使(つか)って」という意味(いみ)です。例(れい)：「電車(でんしゃ)で会社(かいしゃ)に行(い)きます。」
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