「薬を 飲んで ください」 means "Please take the medicine." In Japanese, you use the verb 「飲む」 (to drink/swallow) for taking medicine. It is combined here with the polite request pattern 「〜て ください」.

「薬(くすり)を 飲(の)んで ください」は「薬(くすり)を飲(の)んでください（服(ふく)用(よう)してください）」と丁(てい)寧(ねい)にお願(ねが)いする表(ひょう)現(げん)です。日(に)本(ほん)語(ご)では薬(くすり)に対(たい)して「飲(の)む」を使(つか)うため、て形(かたち)の「飲(の)んで」に「ください」を繋(つな)げます。