ナイフ ___ パンを切(き)ります。
で indicates the tool, instrument, or means used to perform an action (cutting bread with a knife).
動作を行うための道具、手段、または材料（「ナイフ」）を示す格助詞「で」です。「〜を用いて」「〜を使って」という意味になります。
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