木村さん、お疲れ様でした。

仕事終わりの挨拶「お疲れ様でした」に対する応答です。相手への労いを返しつつ、退室を告げる「お疲れ様でした。お先に失礼します（選択肢2）」が最適です。選択肢1の「はい、疲れました」は単なる愚痴のようになり不自然です。選択肢3は「どういたしまして」なのでお礼への返答です。