A: Do you have a pen? B: (　　　).

Aさんが「Do you have a pen?（あなたはペンを持っていますか？）」と質問しています。このように文の最初が「Do」で始まる質問には、「Yes, I do.（はい、持っています。）」か「No, I don't.（いいえ、持っていません。）」で答えるのがルールです。選択肢の中でこの形に合っているのは「Yes, I do.」ですね。